MIRACLE LINUXに含まれる標準的なパッケージはRPM（Redhat Package Manager）によって管理されます。RPM はRed Hat LinuxやRed Flag などの多くのディストリビューションで採用されており、以下の機能を提供します。

• 容易なアップグレードパッケージを再インストールすることなく、個別にパッケージを安全にアップグレードすることができます。もし、アップグレードに必要な他のパッケージがあれば教えてくれます。

• 高度な問い合わせ機能システム全体を通じてパッケージを検索したり、特定のパッケージ群のみを検索することができます。あるファイルがどのパッケージによってインストールされたのかを簡単に検索することができます。

• 依存関係の検出パッケージを追加・削除・更新する際に、そのパッケージに依存するパッケージや、バージョンがあった場合に、警告がだされ、作業が中断する仕組みになっています。

• ソースの利用とパッケージの再構築ユーザーはパッケージのソフトウェアソースを利用できます。もし、パッケージがシステムの環境に適合しない時にパッケージを再コンパイル、再構築することで他システムのパッケージを移植することが容易になります。