新規にトレッキングツールで作成したデータには「ShutdownReboot」が必要、という情報が埋め込まれます。 後の構成変更時にも、この新規作成したときのデータをそのまま利用することが原因です。 新規構築後、サーバ上から clpcfctrl --pull -w(-l) でデータを吸い上げた後、その情報を使って構成変更を行えば適切な反映方法が表示されます。